真菌性肠炎的治疗需要综合考虑患者的具体情况，包括病情的严重程度、患者的身体状况以及是否存在其他并发症。以下是一些常见的治疗方法：
1. 抗真菌药物
抗真菌药物是治疗真菌性肠炎的主要药物，包括：
- 制霉菌素：为多烯类抗真菌抗生素，因不溶于水，口服不吸收，故副作用较小。成人每次100万U，3次/d，儿童酌减，疗程10～14天10。
- 克霉唑：为化学合成广谱抗真菌药。口服后很快吸收，4小时左右血浓度达高峰。用量为每日1～3g或每日60～90mg/kg，分3次口服9。
- 曲古霉素：为放线菌产生的七烯类抗生素。口服不吸收。可治疗消化道念珠菌感染。用量为每日20万一40万u，分3—4次空腹服，7～10日为一疗程9。
- 两性霉素B：为广谱抗真菌药物之一，适用于严重的全身真菌感染。主要采用静脉滴注9。
- 氟康唑：为取代酮康唑的新一代三唑类化学制剂，对肝脏的毒副作用远较酮康唑小。成人每天200～400mg，儿童5～10mg/(kg·d)，1次口服或静脉滴入。疗程10～14天10。
- 伊曲康唑：作用与氟康唑类似，仅供口服。用于治疗副球孢子菌肠炎，疗程需6～12个月10。
2. 调节肠道微环境
- 益生菌：通过增加有益细菌的数量来改善肠道微生态环境，通常需连续服用一定时间。益生菌有助于抑制致病性真菌过度生长，促进健康菌群恢复平衡状态5。
- 肠道微生物群恢复治疗：利用特定配方食品或制剂补充缺失的菌株，需要个体化评估并定期监测效果。此方法旨在重建受损的肠道生态系统，提高机体抵抗力对抗真菌入侵5。
3. 支持治疗
- 营养支持：加强营养支持，多吃易消化，高热量，高维生素的食物。提高自身的抵抗力8。
- 纠正水盐代谢紊乱：适当输血，纠正水盐代谢紊乱9。
- 治疗基础疾病：治疗原有的基础疾病，如糖尿病、艾滋病等9。
4. 手术治疗
- 切除术：通过手术的方式来切除局限性的隐球菌肠炎部位及曲菌肠炎的部位，以免这两种病菌继续对肠道进行侵害3。
5. 中医治疗
- 中药治疗：运用中医的整体观点，辨证施治，扶正祛邪，在提高机体免疫力和改善全身状况的加以有效的抗真菌药治疗10。
- 针灸治疗：通过针刺或艾灸特定的穴位，来调节人体的气血和脏腑功能11。
- 推拿按摩治疗：通过按摩腹部和相关穴位，来促进肠道的蠕动，缓解肠道痉挛，改善肠炎症状11。
治疗真菌性肠炎需要在医生的指导下进行，根据患者的具体情况制定个体化的治疗方案。患者也需要积极配合治疗，注意调整生活方式，以提高治疗效果和生活质量。
