低保户申请新农合退费的流程如下：

一、退保条件

1. 参保人去世 ：若缴费未到生效时间（即缴费次年1月1日前去世），可凭死亡证明、缴费凭证及身份证明申请退费；

2. 重复缴费 ：若在多地重复参保，需提供多地缴费凭证到户籍所在地医保经办机构申请退费；

3. 政策免缴 ：符合当地政策免缴条件（如低保、五保）的，可凭相关证明材料（如低保证明）申请退费。

二、所需材料

1. 基础材料

   • 身份证原件及复印件；

   • 户口本原件及复印件；

   • 缴费凭证或缴费记录卡。

2. 特殊情况补充材料

   • 去世退保 ：死亡证明原件及复印件；

   • 重复缴费 ：多地缴费凭证；

   • 政策免缴 ：低保证明、五保证明等。

三、办理流程

1. 提交申请

   • 本人携带上述材料到户籍所在地的乡镇社保中心或医保经办机构提交书面退保申请，填写注销登记表；

   • 若委托他人办理，需提供代办人身份证明。

2. 审核流程

   • 乡镇社保中心对提交的材料进行初步审核，审核通过后出具《乡镇基本医疗保险退款通知单》；

   • 县级医保机构对材料进行复核，确认符合退保条件后核算退费金额。

3. 退费方式

   • 退费一般通过银行转账方式返还至参保人指定的银行账户，需提供银行卡号；

   • 部分地区支持线上办理，可通过当地社保网上申报平台提交申请。

四、注意事项

1. 退保损失说明

   • 新农合属于社会救助性质，退保后无法享受医疗保障，建议提前咨询确认是否为政策允许的退保情形；

2. 时间节点

   • 避免错过退保期限，政策免缴类退费需在当年处理完毕；

3. 地区差异

   • 具体流程和材料可能因地区政策不同存在差异，建议提前电话咨询当地医保部门。

五、特殊情况处理

• 重复参保退费 ：需提供两地缴费凭证，按“先缴费后退”的原则办理；

• 缴费后去世 ：家属需在1月1日前提供死亡证明、缴费凭证等材料，医保部门会开通绿色通道处理。

以上流程综合了线上、线下及特殊情形的处理方式，建议参保人根据自身情况选择合适渠道办理。