消化系统疾病伴发的精神障碍是否会影响入职，需要综合考虑以下几个方面：

1. 法律角度

从法律角度来看，劳动者在入职时需要如实告知用人单位自己的健康状况。如果劳动者故意隐瞒精神障碍等重要健康信息，可能会导致劳动合同无效或被撤销

2. 病情严重程度

轻度或中度的精神障碍通常不会影响正常的工作和生活。例如，轻度和中度的抑郁症患者一般可以继续工作，并且通过工作环境来改善心情和心态。如果精神障碍较为严重，影响到认知、行为或社交能力，可能会对工作产生不利影响

3. 工作性质

不同的工作性质对精神状态的要求不同。如果工作需要高强度的脑力劳动或复杂的社交互动，精神障碍可能会带来一定的挑战

4. 法律规定和公司政策

一些公司或行业可能有特定的规定或政策，禁止录用患有某些精神疾病或身体疾病的员工。例如，国企入职体检中，精神疾病和其他一些健康问题是不予录用的禁忌症状

5. 治疗和康复

积极治疗和康复是管理精神障碍的关键。如果能够通过治疗有效控制病情，并在医生的指导下进行工作，那么对入职的影响会较小

总结

消化系统疾病伴发的精神障碍是否会影响入职，取决于病情的严重程度、工作的性质、法律规定以及公司的具体政策。如果病情较轻且能够有效控制，通常不会对入职产生重大影响。如果病情较为严重，建议在入职前与用人单位沟通，并寻求专业医生的建议。

如果你有具体的病情或工作相关的问题，建议咨询专业医生或法律顾问，以获得更为详细和个性化的建议。