新生儿衣原体感染的治愈时间取决于多种因素，包括感染的严重程度、治疗的及时性以及新生儿自身的免疫状态等。一般来说，对于轻度的衣原体感染，通过规范治疗，新生儿可以在2周左右的时间内得到明显改善，并且在2至4周内痊愈 。
针对新生儿衣原体感染，首选的治疗药物通常是红霉素或阿奇霉素。红霉素的剂量为每日50mg/kg，分3～4次口服，疗程为10～14天；而阿奇霉素由于其半衰期较长，可以每日10mg/kg，连续服用3天，在组织中的药物浓度可以维持4天，显示出较好的疗效 。如果感染部位是眼睛（如结膜炎），局部应用抗生素眼药水也是必要的治疗措施之一 。
需要注意的是，即使症状消失，也需要按照医生的指导完成整个疗程的药物治疗，以确保彻底清除病原体，防止复发或者慢性化。如果新生儿患有较为严重的肺炎或者其他并发症，可能需要更长时间的治疗周期，有时甚至需要静脉注射抗生素 。
治疗过程中还需要注意以下几点：
- 定期复查：为了评估治疗效果，需要定期进行复查，比如检查沙眼衣原体DNA或抗体水平。
- 预防交叉感染：在治疗期间，尽量减少与外界接触，尤其是避免与有呼吸道疾病的人接触，以防发生二次感染。
- 个人卫生：家长在护理患儿时应特别注意手部清洁，避免因不洁操作导致再次感染或其他健康问题 。
值得注意的是，尽管大多数情况下，经过适当的治疗，新生儿衣原体感染是可以完全治愈的 ，但若未得到及时有效的治疗，可能会引发一些长期的健康问题，例如中耳炎或角膜血管翳 。一旦发现新生儿有疑似衣原体感染的症状，应及时就医并遵循医嘱进行治疗。
新生儿衣原体感染的恢复时间通常为几周，具体时长因个体差异和病情的不同而有所变化。重要的是要早期诊断、早期治疗，并严格按照医疗建议执行，以促进新生儿尽快康复。如果您对具体的治疗方案有任何疑问，建议咨询专业的儿科医生获取个性化的医疗建议。
