个税连续三个月零申报可能会带来一系列的后果，具体影响取决于企业的实际情况以及税务机关的规定。以下是详细的分析：

零申报的基本概念

零申报指的是纳税人在特定的纳税期内没有发生应税行为，即没有产生应税收入或所得，因此在税务申报时无需缴纳任何税款的一种状态。即便如此，纳税人仍然需要向税务机关提交相应的申报表以履行其纳税义务。

连续三个月零申报的影响

当企业连续三个月进行个人所得税的零申报时，可能会面临以下几种情况和后果：

1. 系统提示确认离职：根据最新的税务系统规定，如果一个员工连续三个月的个人所得税申报为零，系统会自动发出提示，要求确认该员工是否已经离职。这是为了确保数据的准确性，避免因错误信息而导致的数据不准确和资源浪费。

2. 成为税务稽查的重点对象：长期的零申报（通常指连续12个月）可能引起税务部门的关注，并将其列为税务稽查的重点对象。这是因为长期零申报可能暗示着公司存在隐瞒个人收入、不履行代扣代缴义务或试图偷逃个税的行为。

3. 影响公司的税务综合评分：持续的零申报会影响公司在税务方面的综合评分，这可能对企业的信誉造成负面影响，并进一步影响到诸如开具发票额度等方面的权利。

4. 非正常户的风险：如果企业长时间无正当理由地进行零申报，可能会被税务机关认定为“非正常户”，这意味着企业将面临更加严格的监管措施。

5. 可能导致营业执照被吊销：在极端情况下，若发现企业利用零申报来逃避税收责任，税务机关有权采取更严厉的措施，包括但不限于吊销企业的营业执照。

6. 其他潜在的法律风险：未按规定申报纳税的企业还可能遭受罚款、滞纳金等经济处罚；情节严重的，甚至可能构成犯罪，受到刑事追究。

如何应对

为了避免上述不利后果，企业应当确保按照实际情况进行申报。对于确实不存在应税行为的情况，可以合法地进行零申报；而对于那些有业务但暂时未发放工资的企业，则应及时调整申报策略，避免不必要的麻烦。一旦发现员工已离职，应及时更新人员状态，以免造成长期零申报的现象。

虽然短期内偶尔的零申报不会立即引发严重问题，但长期或频繁的零申报则需谨慎对待，务必遵循相关法律法规的要求，确保财务报表与实际经营状况相符，以免触犯税法并导致不必要的经济损失或其他法律责任。