专家论证费用的支付主体是一个复杂的问题，涉及政府采购、项目管理等多个方面。以下将从支付主体、支付标准、支付流程以及相关法律法规等方面进行详细探讨。

专家论证费用的支付主体

采购人支付

根据《政府采购评审专家管理办法》（财库〔2016〕198号）第二十三条规定，集中采购目录内的项目由集中采购机构支付评审专家劳务报酬，集中采购目录外的项目由采购人支付评审专家劳务报酬。
采购人是项目的发起者和组织者，聘请专家进行论证是其职责所在，因此由采购人支付专家费用是合理且合法的。这种方式确保了费用的支付主体与项目主体的一致性，避免了利益冲突。

代理机构支付

在一些情况下，代理机构可以作为垫付方，先行支付专家评审费，然后再向采购人追偿。这种方式在流程上较为合理，但在法规上并不支持，因为专家评审费的支付主体应当是采购人。
代理机构作为垫付方虽然提高了支付效率，但并未改变费用的最终支付主体，这种做法在法律上存在争议，且可能导致财务流程的复杂化。

中标供应商支付

在某些项目中，招标文件规定专家评审费由中标供应商支付。这种做法扭曲了采购人与专家之间的劳务关系，不符合《政府采购评审专家管理办法》的规定。由中标供应商支付专家评审费不仅违反了相关法规，还可能导致利益冲突，影响招标采购活动的公正性和公平性。

专家论证费用的支付标准

按评审时间计算

评审费用通常按评审时间进行梯度计算。例如，湖南省规定3小时内完成的评审项目，每位评审专家按400元计算支付，超过3小时后每增加半小时增加50元，每增加1小时增加100元。
按评审时间计算费用标准简单明了，能够反映专家的实际工作时间，有助于确保费用的合理性和公正性。

按项目复杂程度计算

对于复杂程度高的项目，评审费用可以适当上浮。例如，江苏省规定资深专家的评审费用可以上浮50%-100%。按项目复杂程度调整费用标准能够更好地反映专家的工作量和技术难度，确保费用的合理性和激励效果。

专家论证费用的支付流程

先垫付后结算

代理机构可以先行垫付专家评审费，待评审结束后由采购人统一结算。这种方式有助于提高支付效率，但需要在委托协议中明确约定。先垫付后结算的方式在流程上较为合理，能够确保专家费用的及时支付，但需要注意合同条款的明确性和操作的规范性。

直接支付

采购人可以直接向专家支付费用，或者通过代理机构进行支付。无论哪种方式，都需要确保支付的合法性和合规性。直接支付方式简单直接，能够确保费用的及时支付，但需要注意支付流程的规范性和透明度。

相关法律法规和政策文件

《政府采购评审专家管理办法》

该办法明确规定了评审专家的劳务报酬应由采购人支付，集中采购目录内的项目由集中采购机构支付。该办法为专家评审费用的支付提供了明确的法律依据，确保了费用的合法性和合规性，是支付主体确定的主要依据。

地方性规定

各地根据实际情况制定了具体的支付标准和流程。例如，安徽省规定专家评审费由项目的实施主体或其代理机构负责支付。地方性规定能够结合实际情况，提供更具体的操作指南，有助于确保费用的合理性和可操作性。

专家论证费用的支付主体应为采购人，支付标准可以按评审时间或项目复杂程度计算，支付流程可以是先垫付后结算或直接支付。相关法律法规如《政府采购评审专家管理办法》为费用的支付提供了明确的指导，地方性规定则能结合实际情况提供更具体的操作指南。确保费用的合法性和合规性是支付主体确定的关键。