处理单位个税更正申报并申请退税的流程如下：
1. 启动更正申报
- 1.登录扣缴系统：公司应登录个人所得税扣缴系统，选择需要更正的税款所属月份，并进入综合所得申报界面查看当前月份的申报状态
- 2.确认申报状态：只有在申报状态为“申报成功”时，才能进行更正申报
2. 进行更正申报
1.启动更正：在确认需要更正的申报表后，点击【更正申报】按钮来启动更正流程
2.填写附表：如果涉及“减免税额”、“商业健康保险”或“税延养老保险”，需要在【附表填写】中完善相关信息
3.重新计算税款：完成更正后，重新计算应补（退）税额
3. 提交更正申报
1.报送申报表：根据重新计算的结果，如果存在应退税额，则需要按照税务部门的规定办理退税手续
2.保存备份：系统可能会提示保存当前有效的申报记录备份，并显示保存路径
4. 申请退税
1.准备资料：根据不同的退税原因，纳税人需要准备好个人所得税纳税申报表、身份证明、银行账户信息等必要资料
2.提交申请：纳税人可以通过网上税务局（包括个人所得税手机APP、网页端）、自助终端或者现场窗口等方式，向所在地的税务机关提交退税申请，并提交相关资料
3.审核与退款：税务机关会对申请人的资料进行审核，核实申请人的纳税申报情况，确认是否符合退税条件和金额。审核通过后，税务机关会将退税款项退还给申请人指定的银行账户，一般在申请提交后的7个工作日内到账
5. 其他注意事项
- 年度汇算清缴：如果是年度汇算清缴的退税申请，需要在每年的3月1日至6月30日之间办理
- 误缴或重复缴纳：如果是误缴或重复缴纳的退税申请，需要在发现问题后的三年内办理
- 特殊情况：如果是其他特殊情况的退税申请，需要在发生情况后的一个月内办理
6. 常见情况处理
- 申报成功但未申请退税：可以直接更正申报
- 退税申请处于审核中：需要先撤销退税申请后，再进行更正申报
- 已完成退税或补缴：无需撤销退税申请，直接更正申报后，完成补缴税款或申请退税即可
通过以上步骤，您可以顺利完成单位个税更正申报并申请退税。如果有更多疑问，建议直接联系当地税务机关获取详细指导。
