301 医院与协和医院是两家独立的医院，没有直接隶属关系，主要有以下一些联系和区别：
历史渊源方面
- 间接联系：在新中国医疗卫生事业发展初期，协和医院的一些专家在创办医院或创建学科方面发挥了重要作用，对包括 301 医院在内的众多医院产生了一定的影响。比如，协和的传统、作风、教育与科学理念、组织体制和管理经验等被带到了全国，在一定程度上推动了 301 医院等医疗机构的发展和建设。
医院性质方面
- 301 医院：是中国人民解放军总医院，属于军队系统的医疗机构，主要服务于军队和公众，承担着军队医疗保障、军事医学研究以及为地方患者提供医疗服务等多重任务。
- 协和医院：是中国医学科学院的附属医院，是国内顶尖的综合性医院，也是中国比较早的西医院之一，在医学教育、科研和临床医疗方面有着深厚的历史积淀和卓越的声誉。
合作关系方面
- 与清华的合作纠葛：在清华医学院的发展过程中，301 医院和协和医院都与清华有过合作关系。2000 年左右，清华曾谋求合并协和医学院，后双方于 2002 年签署协议成立 “清华大学北京协和医学院”，但合作历经波折。在此过程中，清华与 301 医院也曾多次签订合作协议，如 2005 年 9 月 301 医院挂牌清华医学院教学医院，几十位医生成为清华双聘教授等，但因清华与协和的合作关系变化，清华与 301 医院的合作也受到影响。
医疗特色方面
- 301 医院：在心血管、神经、肿瘤等领域有着较强的专业优势，在急救和创伤治疗方面具有显著优势，尤其在军事医学相关领域以及为军队人员提供医疗保障方面有着丰富的经验和突出的能力。
- 协和医院：以其卓越的医疗技术和科学研究闻名于世，在器官移植、基因治疗等领域处于国际领先地位，在心血管疾病、神经科学、肿瘤治疗等多个领域也具备强大的专业实力，同时拥有出色的临床团队和教育体系，为国内外培养了大量优秀的医学人才。
