药店合作经营协议是两个或多个实体（通常是个人或公司）为了共同经营一家药店而签订的法律文件。这种协议详细规定了合作各方的权利、义务、责任和利润分配等关键条款，以确保合作关系的顺利进行，并在发生争议时提供解决依据。

以下是一些典型的药店合作经营协议中可能包含的内容：

1. 合同双方基本信息：包括合伙人的名称或姓名、住所地或住址、法定代表人或负责人等信息。

2. 药店的基本信息：如药店名称、地址、经营范围等。

3. 投资及资金：说明投资总额、各合伙人出资比例以及资金来源和出资方式。

4. 经营管理：设立管理机构，明确职责分工，制定决策机制。

5. 利润分配与亏损分担：确定如何分配利润和分担亏损的比例和时间节点。

6. 药品采购与销售：定义采购渠道、质量管理和定价策略。

7. 保密条款：保护商业秘密和技术秘密等机密信息不被泄露。

8. 知识产权：涉及专利、商标、著作权等知识产权的归属和保护措施。

9. 合同变更与解除：规定变更或解除合同的条件和程序。

10. 违约责任：定义违约行为及其后果，包括支付违约金和赔偿损失。

11. 争议解决：提供解决争议的方式，通常包括友好协商、仲裁或诉讼。

12. 其他约定事项：任何未尽事宜或特殊条款。

请注意，具体的协议内容会根据实际情况有所不同，且必须遵守当地法律法规。如果需要起草或审核这样的协议，建议咨询专业的法律顾问。上述提供的信息是一个概括性的描述，具体细节应根据实际的合作情况来定制。