处理医疗机构严重骗取医保资金的行为通常涉及多方面的法律和行政措施。以下是一些常见的处理方式：

1. 1.行政处罚：罚款：对骗取医保资金的医疗机构处以高额罚款。暂停或取消医保定点资格：暂停或取消其作为医保定点医疗机构的资格，使其无法继续使用医保资金。吊销执业许可证：对于情节严重的，可能吊销其医疗机构执业许可证。
2. 2.刑事处罚：刑事责任：如果骗取医保资金的行为构成犯罪，相关责任人可能会被追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，骗取医保资金可能构成诈骗罪，依法追究刑事责任。追回非法所得：要求医疗机构退还非法获取的医保资金。
3. 3.监管措施：加强监管：加强对医疗机构的日常监管和检查，增加突击检查的频率。信息公开：将骗取医保资金的医疗机构信息公开，增加透明度和社会监督。
4. 4.内部整改：责令整改：要求医疗机构进行内部整改，建立健全内部管理制度，防止类似事件再次发生。培训教育：对医疗机构的工作人员进行法律法规和职业道德培训，提高其法律意识和职业道德水平。
5. 5.社会监督：鼓励举报：鼓励公众和内部员工对骗取医保资金的行为进行举报，并对举报人给予保护。媒体曝光：通过媒体曝光骗取医保资金的典型案例，形成社会舆论压力。

具体处理方式会根据骗取行为的严重程度、涉及金额大小、是否有前科等因素综合考虑。如果遇到此类问题，建议及时向当地医保管理部门或公安机关举报。