上海华山医院擅长多个专科领域，以下是一些主要的特色专科：
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皮肤科：在国内外享有较高的声誉和较大的影响。病例数和病种丰富多样，能收治各种疑难杂症和危重病人。开设了多种专病门诊，如结缔组织病、遗传性皮肤病、化妆品皮炎、银屑病、白癜风等。
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神经内科：是医院的特色学科之一，也是教育部重点学科。研究重点包括急性脑血管病的规范治疗及预防、神经系统自身免疫病、帕金森氏病和老年痴呆等老年神经疾病以及癫痫和偏头痛等发作性疾病。
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神经外科：先后评为国家重点学科、卫生部重点建设临床学科等，是国内主要的神经外科中心。在微侵袭神经外科、颅底外科、分子神经外科、立体定向放射外科等领域有深入研究，拥有世界先进水平的神经导航系统、激光刀、伽马刀等设备。
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手外科：在顾玉东院士带领下，积极开展“急性手外伤及断肢（指）再植”、“拇指与手指再造”等临床与研究工作，取得了巨大成绩。
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感染内科：为国家教委首批重点学科，收治的经典传染病以及其他各项感染的病人多、病种丰富，在病毒性肝炎相关肝病的个体化与优化治疗、中枢神经系统感染诊治等方面实力雄厚。
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康复医学科：是国内综合医院中第一批建立的康复医学专科之一，将现代康复治疗与中国传统治疗相结合，主要开展以骨关节系统疾病和神经系统伤病为主的综合性康复医疗工作。
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内分泌科：为国家级临床重点专科建设项目，在糖尿病及相关并发症、甲状腺疾病、垂体-肾上腺疾病等内分泌疾病的诊断和治疗方面有着丰富的经验和先进的技术。
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骨科：在骨折、关节病、脊柱疾病等方面有丰富的诊治经验，处于国内领先地位。
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消化内科：擅长胃炎、肠炎、肝病等消化系统疾病的诊治，尤其在胃肠镜检查和治疗方面具有先进技术。
上海华山医院在多个专科领域均表现出色，患者可根据自身病情选择合适的专科就诊。
