往来款项未及时清理主要违反了以下法律法规和财务规范：

一、核心财务法规

1. 《行政单位财务规则》

   • 第三十六条 ：行政单位需加强暂存款项管理，不得将应纳入收入管理的款项列入暂存款项，且应及时清理、结算，不得长期挂账。

   • 第三十七条 ：行政单位应加强应收及暂付款项管理，严格控制规模，及时清理，不得长期挂账。

2. 《事业单位会计准则（试行）》

   • 第30条 ：应付款项和应缴款项应及时清理结算，不得长期挂账。

二、部门决算与预算管理规范

• 《部门决算管理制度》

  • 第十七条 ：要求按财务会计制度及预算批复文件及时清理收支账目、往来款项，确保年度预算执行与决算数据真实完整。

三、其他相关规范

• 《行政单位财务规则》（财政部令第71号）

  • 第三十八条 ：与第三十七条内容一致，强调对应收及预付款项的管理与清理。

• 《部门决算管理办法》（财库〔2021〕36号）

  • 第十二条 ：要求在年终结账基础上全面清理收支，确保决算数据真实性，不得以估计数据替代。

四、违规后果

• 行政单位 ：可能面临财政部门通报批评、责令限期整改，甚至影响年度绩效评估和预算安排。

• 企业 ：长期挂账可能引发税务风险，如通过应付账款等科目偷税漏税，导致罚款或补缴税款。

建议相关单位定期开展往来款项清理专项审计，规范核算流程，避免因管理疏漏引发合规风险。