首都医科大学附属北京同仁医院分为崇文门院区和亦庄院区。通常意义上，崇文门院区可视为总院，其与亦庄院区有以下区别：
- 院区历史与规模
- 崇文门院区：始建于 1886 年，历史悠久，是 “老资历” 院区，建筑相对陈旧。院区包括西区（东城区东交民巷 1 号）和东区（东城区崇文门内大街 8 号），在北京市中心区域，地理位置优越，但空间相对紧凑。
- 亦庄院区：2004 年 5 月开业，一期占地面积 7.7 万平方米。2014 年启动扩建工程，2020 年竣工，扩建后建筑面积增大，就诊环境宽松，配套设施更加完善，设有母婴室、用药咨询中心、共享轮椅等，还创新建立了智慧医疗示范科室，实现 “一站式” 就诊和专科检查。
- 功能定位
- 崇文门院区：功能调整后，重点保障周边地区、中心城区居民的基本医疗服务，完善医疗急救保障，提供高水平国际医疗服务等。突出同仁重点学科特色的老年性白内障、老年性耳聋、验光配镜、助听器验配等助老诊疗服务。
- 亦庄院区：作为医院主体，承担国家眼科、耳鼻喉科医学中心和临床医学研究中心功能，以及北京市东南部和亦庄地区区域医疗中心，辐射服务京津冀地区，建设成为医教研防全面发展的医学中心、区域医疗中心、疑难杂症会诊中心、医药健康科技研发及成果转化中心。
- 科室设置与专家资源
- 崇文门院区：知名眼科专家众多，如白内障方面的宋旭东主任、小儿斜视的付晶主任等在此出诊。耳鼻咽喉头颈外科的李永新主任也在东区出诊。这里集中了医院的部分核心科室和资深专家，在一些传统优势学科的疑难病症诊断和治疗方面经验丰富。
- 亦庄院区：科室设置齐全，除眼科、耳鼻咽喉 - 头颈外科、心血管科等传统重点项目外，还有外科（普外、神外、胸外、泌尿外科、骨科）、神经内科、妇产科、儿科、皮肤科、中医科、口腔科等科室，以及疝疾病诊疗中心、妇儿疾病治疗与保健中心、颌面创伤中心等特色中心。目前有很多专家团队在亦庄院区出诊，并且开设有专病特色门诊、疑难病会诊。亦庄院区的眼科设有青光眼、白内障及屈光手术专业组，在成人及儿童青光眼疾病、白内障及高度近视屈光手术领域居于国内领先水平。
- 医疗设备
- 崇文门院区：拥有先进的医疗设备，能满足各种疾病的诊断和治疗需求。但由于院区建设时间较早，部分设备可能存在更新换代的情况。
- 亦庄院区：扩建后配备了更加先进的仪器设备，如智能化手术室占比高，新建杂交手术室可以同时进行外科手术、介入治疗和影像检查。并且在设备的配置上更加注重现代化和智能化，以适应医院的功能定位和发展需求。
