昆明市三甲医院主要包括以下机构（按综合实力和知名度排序）：
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昆明医科大学第一附属医院（云大医院）
- 西南区综合实力排名前列，学科齐全，拥有国家级重点专科7个、省级临床重点专科24个，涵盖心脏外科、神经外科、肿瘤科等优势科室。
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云南省第一人民医院（昆华医院）
- 云南省最早的三甲综合医院，连续4年位列全国三级公立医院绩效考核百强，特色科室包括呼吸科、心血管内科等。
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昆明医科大学第二附属医院
- 以肝胆胰外科、泌尿外科、重症医学等学科著称，部分技术达到国内领先水平。
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解放军联勤保障部第920医院（原43医院）
- 综合性军队医院，优势科室包括骨科、神经外科、心血管内科等。
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云南省第三人民医院
- 位于官渡区，提供综合性医疗服务，重点学科涵盖消化内科、急诊医学等。
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昆明市延安医院
- 以心血管疾病诊疗为特色，同时开展多学科联合诊疗服务。
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云南省肿瘤医院（昆明医科大学第三附属医院）
- 专科优势突出，专注于肿瘤疾病的预防、治疗和研究。
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昆明市中医医院
- 集中医药诊疗、科研、教学于一体，特色科室包括针灸科、中医内科等。
其他三甲医院还包括：
- 云南省第二人民医院（综合实力较强）
- 云南省精神卫生中心（精神疾病专科）
- 昆明市第三人民医院（传染病防治领域突出）
注：部分医院存在多院区布局，如昆明医科大学第一附属医院设西昌路、呈贡、高新3个院区。
