肛肠专科医院的收费是否比综合性医院更高，这个问题并没有一个固定的答案，因为收费标准会受到多种因素的影响，包括但不限于医院的地理位置、医院等级、所选治疗方法以及是否有医保报销等。

从一些具体的案例来看，某些肛肠专科医院确实提供了公开透明的价格体系，并且强调了合理收费的原则。例如，南京中友肛肠医院作为一家经过南京市卫生部门批准的肛肠专科医院，始终实行透明廉价的收费原则，真诚对待每一位患者。这表明至少在这家医院，费用并不是特别高，而是以合理的价位服务于大众。

重庆东大肛肠专科医院也是一个例子，它不仅提供高质量的服务，还注重费用的合理性和透明度。该医院严格执行相关收费标准，所有收费项目都遵循国家标准，并确保价格公开透明，程序公开化、服务规范化。这意味着即使是在专科医院，只要它是正规的并且有良好的管理，其收费应当是符合市场标准的。

也有一些信息提示，如果选择的是私立性质的肛肠专科医院，可能会遇到较高的费用。比如，在一份百度知道的回答中提到，去综合医院可能更好，因为有些专科医院可能是私人运营的，而公立医院相对来说更为正规。但是，这一观点并未得到广泛的数据支持，而且即使是私立的肛肠专科医院，也有不少强调自己收费合理、透明的例子，如福兴康复肛肠胃肠医院。

治疗的具体情况也会影响最终的花费。简单的肛肠手术在较低级别的医院进行时，费用可能相对较低，但如果涉及到复杂的手术或需要使用先进的微创技术，那么无论是在专科医院还是综合医院，费用都会相应增加。同时，如果有医保报销的支持，个人实际支付的部分将会减少，这也是选择医院时需要考虑的一个重要因素。

肛肠专科医院并不必然更贵。实际上，许多专科医院通过实施透明化的收费政策和医保报销机制，努力让医疗服务更加亲民。因此，在决定去哪里就医之前，建议先了解清楚不同医院的具体收费情况和服务质量，结合自身的经济条件和健康需求做出最合适的选择。同时，也要注意查看医院是否具备相应的资质，以保证医疗质量和安全。