温州市第六人民医院是温州市以感染性疾病诊治为主的专科医院，主要治疗以下几类疾病：
- 传染病：作为温州市各类传染病的定点收治单位，承担着传染性疾病和突发公共卫生事件隔离诊治任务，可治疗包括各类肝炎、肺结核、麻疹、伤寒、疟疾、感染性腹泻、艾滋病以及肺炎等感染性疾病。
- 肝病：医院设有肝病科，可对各种急慢性肝炎、肝硬化、脂肪肝、药物性肝损伤、自身免疫性肝病等进行诊断和治疗，开展脏器功能支持、人工肝支持、血管介入治疗技术，以及肝炎病毒基因分型及乙型肝炎病毒 P 区核苷类似物耐药的检测技术。
- 结核病：结核病诊治是省、市两级卫生计生委定点项目，在结核病诊治技术方面取得了长足进步，能开展结核分支杆菌固体、液体培养及一、二项药敏试验，Gene - Xpert、Hains 探针等快速检测结核菌及相关药物敏感性试验，对结核合并大咯血、重症结核、伴脏器功能不全的患者有较高的救治水平。
- 其他感染性疾病：开设感染、肝病、肠道、发热、结核、特需等 6 种感染性疾病专病门诊，以及脂肪肝多学科联合门诊，可对其他各种感染性疾病进行综合诊治，同时配备有检验科、临床实验室、放射科、超声科等相关辅助科室，为疾病的诊断和治疗提供有力支持。
