以下是深圳治疗男性性功能障碍比较好的医院：

1. 深圳鹏程医院：深圳鹏程医院是一家专注于男性疾病治疗的医院，拥有多年的临床经验和专业的医疗团队。该医院的外科是特色科室，多年来一直致力于各类男性疾病的诊疗，并形成了自己独有的诊疗体系。

2. 广州建国医院：广州建国医院在男性性功能障碍的治疗方面有着丰富的经验，提供个性化的治疗方案。

3. 中山大学孙逸仙纪念医院：作为一所综合性大型医院，中山大学孙逸仙纪念医院拥有一流的医疗设备和专家团队，能够为患者提供高质量的医疗服务。

4. 南方医科大学南方医院：南方医科大学南方医院是一家集医疗、教学、科研为一体的大型综合性医院，其男科专业在国内外享有较高的声誉。

5. 广州市第一人民医院：广州市第一人民医院是一家历史悠久、技术力量雄厚的医院，其男科专业在治疗男性性功能障碍方面有着显著的成效。

6. 中山大学附属第一医院：中山大学附属第一医院是华南地区著名的医疗机构之一，其男科专业在治疗男性性功能障碍方面有着丰富的经验和先进的治疗方法。

7. 广东省人民医院：广东省人民医院是一家综合性大型医院，其男科专业在治疗男性性功能障碍方面有着显著的成效。

以上医院均在深圳地区享有较高的声誉，并且在男性性功能障碍的治疗方面有着丰富的经验和专业的医疗团队。患者可以根据自己的实际情况和地理位置等因素选择合适的医院进行治疗。