在2025年，江西九江治疗肛门疼痛的医院中，有多家医疗机构因其专业的肛肠科而受到推荐。以下是几家在肛门疾病治疗方面较为突出的医院：

1. 九江学院附属医院：作为江西省的重点西医院之一，该医院不仅历史悠久，而且在肛肠疾病的诊疗上积累了丰富的经验。其肛肠科拥有一支经过严格训练、具有丰富临床实践经验的医护团队，能够为患者提供包括复杂性混合痔、肛瘘、肛裂等在内的多种肛肠疑难疾病的诊治服务。

2. 九江市第一人民医院：这家医院同样是一所三甲综合医院，并且与四川大学华西医院和武汉协和医院有着协作关系。它在肛肠外科常见病及疑难病的诊治方面也拥有大量优质专家资源和丰富的临床经验。

3. 中国人民解放军第171医院：这所医院也是一家三甲综合性医疗机构，以其普通外科见长，特别是在处理肝胆、胃肠等外科疾病方面有着显著的优势。对于肛肠相关的病症，也能提供高质量的医疗服务。

4. 九江市中医医院：如果倾向于采用中医或中西医结合的方法进行治疗，九江市中医医院是一个不错的选择。该院肛肠科是江西省重点中医专科，擅长运用中药以及现代微创技术如PPH手术治疗痔疮等肛肠疾病。

5. 修水县第一人民医院：虽然位于县级区域，但该医院普外科实力不容小觑，特别是在与南昌大学第二附属医院合作共建后，在肛肠疾病的诊断和治疗上有了进一步的发展。

6. 彭泽县人民医院：尽管级别为二级，但其外科部门也有一定的专业水平，可以处理一些常见的肛肠问题。

7. 都昌县中医院：对于希望尝试中医治疗方法的患者来说，这里也是一个可选之处，特别是针对痔疮、肛瘘等肛肠疾病，该医院有相应的特色疗法。

还有其他一些医院如瑞昌市人民医院、武宁县人民医院等也设有肛肠科或相关科室，能够满足不同层次患者的就医需求。值得注意的是，具体选择哪家医院就诊时，还需根据个人的具体病情、地理位置便利性以及对医生的信任度等因素综合考虑。同时，随着医疗技术的进步和服务模式的更新，建议在决定之前通过官方网站或者电话咨询最新的信息和服务内容。

请注意，上述提到的医院评价和排名基于以往的数据，具体情况可能会有所变化，因此在实际求医前应核实最新情况。如果您需要更加详细的信息，例如具体的医生专长或者预约挂号流程，可以通过各医院官网或者第三方医疗服务平台获取最新资料。