对于1000万工程招标代理费的计算，根据国家发展计划委员会文件《计价格〔2002〕1980号》和发改办价格[2003]857号的规定，我们可以使用差额定率累进法来计算具体的费用。这种计算方法适用于中标金额在不同区间的情况，并且每个区间的费率是不同的。

具体到1000万元的工程招标项目，我们可以按照以下步骤进行计算：

• 对于100万元以下的部分，工程招标代理费率为1.0%。
• 对于100万元至500万元之间的部分，费率为0.7%。
• 对于500万元至1000万元之间的部分，费率为0.55%。

因此，我们可以分段计算如下：

1. 100万元×1.0%=1万元
2. (500-100)万元×0.7%=2.8万元
3. (1000-500)万元×0.55%=2.75万元

将上述各部分相加，得到总代理费为：1+2.8+2.75=6.55万元。

需要注意的是，这个计算结果是基于标准费率得出的，而实际操作中，双方可以在规定的收费标准基础上上下浮动不超过20%来协商确定最终的招标代理服务费。这意味着，在某些情况下，代理费可能会有所增加或减少，取决于双方的协商结果。

如果招标公告中明确规定了招标代理费由中标单位支付，则应按照中标比例进行分摊；而在其他情况下，这笔费用可能由招标人直接支付给招标代理机构。同时，单独提供编制招标文件（有标底的含标底）服务的，可按规定标准的30%计收。

1000万元工程项目的招标代理费用大致为6.55万元，但具体数额需要根据实际情况及双方协商的结果来确定。如果存在额外的服务或者特别的协议条款，也可能会影响到最终的收费金额。如果您需要最新的或更精确的信息，建议查阅最新的政策文件或咨询专业的招标代理机构。