职工医保住院费用超过50万的处理方式如下：

一、医保封顶线规则

1. 封顶线标准

   职工医保设有年度最高支付限额，2024年济宁地区为50万元，支付比例为90%。超过该限额的部分需由个人自费。

2. 特殊病种报销

   若参保人员患有重大疾病，可申请职工大病保险二次报销。大病保险对医保封顶线以上的费用按比例报销（如90%-100%），但需符合当地政策规定。

二、自费超限部分的解决途径

1. 商业保险补充

   若已购买商业医疗保险，可将社保报销后的自费部分通过商业保险进行二次报销。

2. 医疗救助政策

   符合当地医疗救助条件的患者，可申请医疗救助，享受额外报销比例（如50%-70%）。

3. 异地就医结算

   通过异地就医结算平台，可便捷地申请跨地区医疗费用报销。

三、申请流程与材料

1. 材料准备

   需提供身份证、医保卡、医疗费用清单、诊断证明等材料。

2. 申请渠道

   向医保经办机构或定点医院提交申请，部分地区支持线上办理。

四、注意事项

• 政策差异 ：不同地区对封顶线、报销比例等政策存在差异，建议提前咨询当地医保部门。

• 时间节点 ：部分地区的补报流程需在次年结算时启动，需关注医保部门通知。

通过以上方式，职工医保超限费用可得到有效缓解，建议参保人员提前规划医疗费用并配置商业保险。