根据我国现行医保政策，医保统筹账户的资金不会因为连续两年未使用而清零。具体说明如下：

一、统筹账户性质与资金管理

1. 统筹账户资金不清零

   医保统筹账户（包括职工医保和城乡居民医保）属于集体所有资金，由社保机构统一管理和调剂使用，用于支付符合规定的医疗费用。即使参保人连续两年未使用统筹账户资金，账户余额也不会清零。

2. 年度支付限额与清零规则

   统筹账户设有年度支付限额（如门诊统筹额度），该限额每年根据政策调整，且不跨年累计。例如，某年度门诊统筹额度为1.5万元，当年未用完的金额不会结转到下一年度，下一年度将重新计算限额。但需注意，这种“年度支付限额”与账户整体是否清零是两个不同概念。

二、个人账户与统筹账户的区别

1. 个人账户不清零

   职工医保个人账户属于个人及其亲属专用，当年未使用的余额会自动结转至下一年度，可继续使用。

2. 门诊统筹额度的特殊性

   • 若门诊费用未超过当年支付限额，医保会全额报销，超出部分由个人承担。

   • 即使连续两年未就医，门诊统筹额度也不会清零，但需注意年度支付限额的重新计算。

三、特殊情况说明

• 医保停缴影响 ：若医保连续停缴6个月以上，将无法享受医保报销待遇，但账户余额仍可用于医疗消费，不会清零。

• 跨年政策调整 ：年度支付限额会随政策调整，但不会影响账户的累计使用性质。

综上，医保统筹账户（含门诊统筹额度）不会因连续两年未使用而清零，但需注意年度支付限额的年度更新规则。