如果在中标两年后查出存在串标行为，可以按照以下步骤处理：

1. 立即停止串标行为：确保所有涉及的不正当行为立即停止。

2. 保留相关证据：收集并保存与串标行为相关的所有文件和通信记录等证据。这些资料对于后续可能需要进行的法律程序非常重要。

3. 咨询专业律师：寻求法律专家的帮助，了解可能面临的法律后果以及应对措施。律师可以根据具体情况提供专业的建议，并帮助制定策略。

4. 主动向监管部门报告：如果情况严重，应考虑主动向相关的行政监督部门或监管机构报告，并配合他们的调查工作。

5. 加强内部管理：采取措施防止未来再次发生类似的事件，这可能包括改进内部控制流程、培训员工遵守法律法规等。

6. 准备接受处罚：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法规，串标行为可能导致中标无效，同时涉事单位和个人可能会面临罚款、没收违法所得、取消一定期限内参与招投标活动的资格等行政处罚。情节严重的还可能构成犯罪，需承担刑事责任。

7. 民事赔偿责任：如果串标行为给他人造成了损失，还需要承担相应的民事赔偿责任。

8. 重新招标：如果串标行为影响了中标结果的公正性，原招标方有权决定是否重新组织招标。

发现串标行为后应当迅速而慎重地采取行动，以减轻潜在的法律和经济后果，并维护市场的公平竞争环境。