根据您提供的信息，住院花费5万元但只报销了1万元，这种情况可能与以下几个因素有关：

1. 报销比例和起付标准

根据最新的住院费用报销政策，不同医院级别的报销比例和起付标准如下：

• 一级医院：
  • 起付标准：首次住院1300元，第二次及以后每次650元。
  • 报销比例：1300元-3万元部分报销85%-90%，3万元以上部分报销95%-97%。
• 二级医院：
  • 起付标准：首次住院800元。
  • 报销比例：起付线以上至10万元部分报销78%-92%，10万元以上部分报销85%。
• 三级医院：
  • 起付标准：首次住院1300元。
  • 报销比例：起付线以上至10万元部分报销75%-90%，10万元以上部分报销85%。

2. 可能的原因分析

结合您的情况，5万元的总费用可能涉及以下几种情况：

• 未达到报销范围：如果部分费用不在医保报销范围内，例如超出医保目录的药品、特殊耗材或非医保支付项目，这些费用可能无法报销。
• 个人先行自付比例：根据政策，部分费用（如乙类药品、部分诊疗项目或耗材）可能需要个人先行支付一定比例，这可能导致报销金额减少。
• 医院级别和费用分段：如果住院费用集中在起付线以上但未达到更高报销比例的区间，可能导致报销金额较低。
• 政策差异：不同地区和医保类型的报销政策可能存在差异，具体报销金额需要结合当地政策确认。

3. 建议的解决方案

为了进一步确认报销金额是否合理，您可以采取以下措施：

1. 核对报销单据：仔细检查报销单据，确认哪些费用被纳入报销范围，哪些费用被排除。
2. 咨询医保部门：联系当地医保经办机构，详细咨询报销政策，了解是否符合报销条件及具体计算方式。
3. 补充材料：如果部分费用因材料不足未被报销，可以尝试补充相关证明材料，如费用明细、药品清单等。

4. 相关法规和政策依据

根据《中华人民共和国社会保险法》第二十九条，参保人员的医疗费用中应由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构直接结算。同时，根据各地政策，不同级别的医院和费用分段会有不同的报销比例。

希望以上信息对您有所帮助。如需进一步了解具体政策，请随时告知！