医保卡里有钱显示余额为零的原因如下：

1. 医保机构未划账：如果参保人是刚拿到医保卡，查询余额时发现为零，可能是因为医保经办机构还没有正式划账。

2. 个人账户的钱用完：职工医保有个人账户和统筹账户之分，只有当医保卡个人账户中有钱时，参保人才可以通过指定渠道查询到。因此，若是医保个人账户中的钱已经用完了，那么查询的时候自然会显示余额为零。

3. 查询方式错误：有的参保人可能会误将社保卡金融账户余额当做医保卡个人账户余额进行查询，但是社保卡金融账户一般还需要激活后自己往里面存钱了，才会显示有余额，就像是银行卡一样，若没有自己存钱，那么自然是查询不到余额的。

4. 医保卡没有激活：如果没有激活医保卡，那么也是无法正常查询医保卡余额的，参保人可以携带好身份证和医保卡前往社保合作银行或者当地社保中心进行激活。

5. 只缴纳了养老保险：如果个人自行参加灵活就业社保或城乡居民社保时，只缴纳了灵活就业养老保险或城乡居民养老保险保费，而没有缴纳灵活就业医保或城乡居民医保保费，那么自然也无法查询到医保卡余额。

6. 参加的城乡居民医保：城乡居民医保不设立医保个人账户，因此余额为零。

7. 灵活就业人员缴费：灵活就业人员如果选择的是最低的缴费基数，也没有建设个人医保账户，所以医保卡的余额为零。

8. 未建设个人医保账户：有的地区医保分为几个档次，选择比较低的档次是没有开设个人医保账户的，所以医保卡的余额为零。

如果您遇到医保卡里有钱但显示余额为零的情况，可以根据上述原因进行排查，并采取相应的解决措施。