交通事故住院后，合作医疗（如新农合）或基本医疗保险是否可以报销医疗费用，需根据具体情况进行分析。以下为详细说明：

1. 是否可以报销：分情况讨论

• 有第三方责任的情况：
  • 如果医疗费用依法应由第三方（如肇事方）承担，则合作医疗或医保通常不予报销。
  • 例外情况：如果第三方不支付或无法确定第三方，合作医疗或医保可能会按照规定比例先行垫付医疗费用，但之后有权向第三方追偿。
• 无第三方责任的情况：
  • 如果交通事故责任完全由自己承担，医疗费用属于个人过错导致的，则合作医疗或医保可能会按照规定报销部分医疗费用。

2. 报销范围和限制

• 不予报销的情况：
  1. 应由工伤保险、公共卫生基金等支付的。
  2. 因酗酒、吸毒、故意犯罪、自杀、自残等非意外原因导致的医疗费用。
  3. 在境外就医的医疗费用。
  4. 超出合作医疗或医保报销范围的药物、诊疗项目或服务设施。
• 报销比例：
  • 即使符合报销条件，合作医疗或医保也仅能报销部分医疗费用，剩余部分需个人承担。

3. 所需材料

• 交通事故责任认定书：明确责任划分。
• 医疗费用发票：包括住院费、医药费、诊疗费等。
• 其他证明材料：如病历、诊断证明、费用清单等。

4. 报销流程

• 提交申请：携带上述材料到当地社保基金管理局或医保部门办理报销手续。
• 审核与支付：相关部门审核材料后，符合条件的将按照规定比例报销。

5. 补充说明

• 与交强险的关系：
  • 如果肇事方有交强险，医疗费用可先由交强险赔付，不足部分由商业保险或肇事方承担。
  • 如果肇事方无保险或逃逸，可通过交通事故救助基金申请垫付。
• 法律依据：
  • 根据《民法典》相关规定，机动车交通事故的赔偿责任由肇事方承担，医保仅能在特定情况下垫付医疗费用。

总结

交通事故住院后，合作医疗或医保的报销需视责任归属和具体规定而定。如涉及第三方责任，通常不予报销；若无第三方责任，部分医疗费用可能符合报销条件。建议您提前准备相关材料，并咨询当地医保部门了解具体政策。