新农合二次住院起付线的计算涉及多个因素，包括医疗机构级别、地区政策等，具体规则如下：

一、起付线标准

1. 按医疗机构级别划分

• 乡级/县级定点医疗机构 ：起付线为200元/人次

• 市级定点医疗机构 ：起付线为300元/人次

• 省级定点医疗机构 ：起付线为500元/人次

• 未定点/民营医院 ：比照市级二级医院下降5个百分点（如市级二级600元→550元），未定点医院下降10个百分点（如市级600元→540元）

2. 特殊说明

• 若医疗费用超过起付线后，累计医疗费用超过当地年度封顶线，则超出部分不再报销

• 转院治疗（如到省级医院）时，报销比例统一为50%，且起付线为0.75万元（河南省标准，各地可能不同）

二、报销比例

• 合规费用报销比例 ：

• 乡级：100%

• 县级：80%

• 市级：70%

• 省级：65%

• 未定点/民营医院：比照市级二级医院比例下降5-10个百分点

三、计算示例

以某患者为例：

• 总医疗费用 ：6万元

• 第一次报销后自付 ：2万元

• 二次报销合规费用 ：1.8万元

• 起付线 ：1万元

• 剩余可报销金额 ：1.8万 - 1万 = 0.8万元

• 报销比例 ：55%

• 二次报销金额 ：0.8万 × 55% = 4400元

四、注意事项

1. 年度封顶线 ：个人每年累计报销金额不得超过当地政策规定的封顶线（如7000元）

2. 累计报销规则 ：同一统筹期内多次住院费用可累计报销，但需符合起付线要求

3. 政策差异 ：不同地区具体标准可能不同，建议参保前咨询当地医保部门

以上规则综合了多个权威来源，实际操作中需以当地最新政策为准。