菏泽市新农合的报销流程如下：

1. 普通门诊报销 ：

• 参保患者需携带户口本或身份证、新农合参合缴费票据、门诊发票等相关材料到县级以下定点医疗机构就诊。

• 医生会在合作医疗证上填写就诊记录，参保病人填写登记表和门诊报销汇总表，并提交资料申请报销。

2. 住院报销 ：

• 参保患者需携带户口本或身份证、新农合参合缴费票据、住院发票、诊断证明、费用清单、住院病历等相关材料到县级以下定点医疗机构办理住院登记。

• 出院后，患者需携带上述材料到新农合窗口审核、报销并领取报销款。

3. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合报销范围。

4. 大病统筹报销 ：

• 参保患者需携带户口本、新农合参合缴费票据、住院发票、诊断证明、费用清单、住院病历、合疗首次报销凭证等相关材料到县级以下定点医疗机构办理大病统筹报销。

5. 市外住院报销 ：

• 在市外二级及二级以上公立医疗机构住院治疗的参保患者，应在出院后3个月内，携带医药费用原始发票、住院医药费用汇总明细清单、出院小结、医疗卡、户口本、门诊病历、经办人身份证到新农合窗口报销医药费用。

6. 意外伤害住院报销 ：

• 出院后需提交意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录，经新农合业管中心稽查人员调查和审核属实后予以报销。

7. 大病二次报销 ：

• 符合特定条件的参保患者，还可以享受大病二次报销的福利，具体报销流程和比例请咨询当地新农合管理部门。

建议：

• 建议患者在住院期间妥善保管所有相关凭证，以便在报销时能够提供齐全的材料。

• 对于特殊病种和大病统筹报销，建议提前咨询当地新农合管理部门，了解具体的申请流程和所需材料。