是的，灵活就业人员的社保费用通常是通过社保卡进行扣费的 。具体扣费方式和流程如下：
- 金融社保卡扣费 ：
- 灵活就业人员如果已经办理了金融社保卡，并且激活了该卡的社保功能及金融功能，那么社保费用会从参保人的金融社保卡账户里进行扣费。
- 自助扣费 ：
- 在参保登记成功后，如果需要缴纳当月社保费用，参保人需要在参保登记时勾选当月缴费，并在参保登记成功后办理自助扣费。这样，后续每月无需再办理参保登记，只需等待月底扣费即可。
- 银行代扣 ：
- 灵活就业人员的社保费用也可以通过银行代缴代扣的方式进行。扣款时间一般为每月的2号至25日，具体以当地的社保机构或税务局的扣款时间为准。参保人需要在相应的扣款时间内将扣款费用打到指定的银行卡中，税务部门或社保机构会自动在银行卡中扣除相应的社保费用。
- 个人账户余额不足处理 ：
- 如果灵活就业人员的个人账户余额不足，可能会导致扣款失败。在这种情况下，如果次月余额充足，银行会进行正常补缴。如果欠费超过3个月，银行将不会再自动扣费，参保人需要到社保经办机构办理回盘业务，重新发送个人缴费信息给银行。
综上所述，灵活就业人员的社保费用主要是通过金融社保卡或银行账户进行扣费的，参保人需要确保在扣款时间内将费用存入指定的银行卡，以便顺利进行扣费。
