灵活就业和在职医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保缴费 ：
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在职职工 ：随单位参保，个人缴费部分由单位代扣代缴，按照本人工资基数的2%比例缴纳。例如，合肥市省平均工资为4019元/月，个人缴纳部分为4019*0.02=80.38元/月。
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灵活就业人员 ：可以自愿参保，按月缴费，只缴纳统筹部分，按照省平工资的60%为基数，按6%比例缴纳。例如，合肥市省平均工资为4019元/月，每个月要自己缴纳4019*0.06=241.14元/月。
- 个人账户 ：
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在职职工 ：个人缴费部分全部返还至个人账户，可用于药店买药、帮助家人缴纳居民医疗保险、去医院抵扣部分医药费等。
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灵活就业人员 ：不设个人账户，所缴费用进入统筹基金账户，不在个人账户名下。
- 缴费年限的规定 ：
- 在职职工和灵活就业人员 ：到达法定退休年龄时，累计缴费年限男满25年、女满20年的，且实际缴费满15年的，可以享受退休人员医保待遇，无需再缴纳费用；不满足缴费年限规定的，可以按规定一次性补齐缴费后，享受退休人员医保待遇。
- 缴费基数 ：
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灵活就业医保 ：缴费基数为职工年平均工资的60%。
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职工医保 ：缴费基数为职工月工资总额。
- 参保对象 ：
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灵活就业医保 ：参保对象为未参加职工医保的从业人员，包括个体工商户、自由职业者及其他灵活就业人员。
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职工医保 ：参保对象为城镇在职职工及单位退休职工。
- 缴费方式 ：
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灵活就业医保 ：由个人全额缴纳。
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职工医保 ：由单位和职工共同缴纳。
- 待遇差异 ：
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灵活就业医保 ：参照城镇职工医保，达到退休年龄且满足足够的缴费年限后，退休后无需缴费也可以享受医保待遇。
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职工医保 ：通常报销比例和待遇较灵活就业医保更为优厚，包括生育、工伤等特殊保障。
- 管理运行机构 ：
- 灵活就业医保和职工医保 ：可能由不同的社会保险管理机构负责运行管理。
综上所述，灵活就业和在职医保在参保缴费、个人账户、缴费年限、缴费基数、参保对象、缴费方式、待遇差异和管理运行机构等方面存在明显的不同。建议根据自身情况选择适合的医保类型，并咨询当地医疗保障局了解详细政策。
