城市居民医保和新农合的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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新农合 ：主要面向具有农村户籍的居民，是农民自愿参加的、以大病统筹为主的医疗互助共济制度。
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城镇居民医保 ：主要面向具有城镇户籍的城镇非从业人员，包括在城区学校就读的在校学生等，不受户籍限制。
- 报销比例 ：
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新农合 ：在三甲医院的报销比例较低，通常只有30%左右，但在乡镇卫生院的报销比例较高，起付线较低。
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城镇居民医保 ：在三甲医院的报销比例较高，通常可以达到50%左右，通过逐级转院的报销比例甚至可以达到70%。
- 政府补助资金 ：
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新农合 ：政府补助普遍高于城镇居民医保，每人每年补助资金平均在400到500元左右。
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城镇居民医保 ：政府补助相对较少，具体金额因地区而异。
- 参保方式 ：
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新农合 ：在农村实行按户缴纳的方式。
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城镇居民医保 ：实行按人来缴纳。
- 管理体制 ：
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
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城镇居民医保 ：主要由人社部门管理。
- 保障待遇 ：
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新农合 ：主要侧重于大病统筹，旨在为农民在面对重大疾病时提供经济保障。
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城镇居民医保 ：保障待遇主要侧重于住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊。
- 医药目录 ：
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新农合 ：可报销的医药目录相对较少，主要覆盖农村常见的疾病和药品。
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城镇居民医保 ：医药目录相对较全，可以覆盖更多城镇常见的疾病和药品。
- 整合情况 ：
- 近年来，国家开始推动新农合和城镇居民医保统一并轨，统称为“城乡居民基本医疗保险”。从2020年起，绝大多数地区已实现“新农合”与“城镇居民医保”的合并，看病不再区分城市和农村。
综上所述，城市居民医保和新农合在参保对象、报销比例、政府补助、参保方式、管理体制、保障待遇、医药目录以及整合情况等方面存在明显差异。随着政策的推进，两者的差异正在逐步缩小，逐步实现统一的医疗保障制度。
