南京同仁医院和北京同仁医院的区别主要体现在以下几个方面：
- 地理位置 ：
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北京同仁医院 ：位于北京市。
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南京同仁医院 ：位于江苏省南京市江宁经济技术开发区。
- 投资方和合作方 ：
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北京同仁医院 ：由同仁医疗产业集团和南京江宁经济技术开发区共同投资兴建的一家三级综合医院。
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南京同仁医院 ：是由北京同仁医院发起，同仁医疗产业集团和南京江宁经济技术开发区共同投资兴建的一家三级综合医院。
- 医院等级和专科优势 ：
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北京同仁医院 ：以三级甲等医院建设要求为发展方向，以耳鼻咽喉头颈外科和眼科优势技术为先导。
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南京同仁医院 ：同样以三级甲等医院建设要求为发展方向，设有39个临床医技科室，其中国家临床重点专科1个（耳鼻咽喉头颈外科），省级临床重点专科1个（耳鼻咽喉头颈外科），市级医学重点专科5个（耳鼻咽喉头颈外科、眼科、神经内科、医学影像科、麻醉科）。
- 教学和科研 ：
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北京同仁医院 ：作为东南大学医学院附属医院和南京医科大学教学医院，坚持医教研并举的办院理念。
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南京同仁医院 ：同样作为东南大学医学院附属医院和南京医科大学教学医院，努力打造社会办医疗机构的典范。
- 社会评价和荣誉 ：
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北京同仁医院 ：位列“中国医院竞争力·非公立医院”前20强，荣获“江苏省价格诚信单位”等荣誉称号。
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南京同仁医院 ：在脑梗治疗方面有着丰富的经验，疾病医疗设施齐全。
总结：
南京同仁医院和北京同仁医院在地理位置、投资方和合作方、医院等级和专科优势、教学和科研、社会评价和荣誉等方面都有相似之处，但它们是两家独立的医院，分别位于不同的城市，具有各自的特点和发展方向。南京同仁医院作为北京同仁医院在南方的延伸，继承了北京同仁医院的技术和管理经验，同时在南京地区具有独特的地理优势和服务对象。
