上海长海医院最出名的科室包括：

1. 消化内科 ：该科室在胆胰疾病的内镜微创治疗领域成绩显著，率先在国际上建立四项胰腺癌内镜诊疗新技术，并在国内最早开展慢性胰腺炎胰管结石体外震波碎石术和重症急性胰腺炎的微创治疗新技术。在复旦版《2024年度中国医院专科声誉排行榜》中位列全国第3。

2. 泌尿外科 ：作为新中国首批泌尿外科专业学科，该科室在前列腺癌的早期诊断和根治手术方面处于国际领先水平，并在泌尿系结石微创治疗、肾癌和膀胱癌的微创手术治疗等领域处于国内领先地位。

3. 烧伤科 ：该科室是国内集医教研为一体、综合规模最大和条件最完善的烧创伤基地之一，在创面修复、重症医学及多发伤和复合伤救治等领域形成新的医疗特色。

4. 心血管内科 ：作为上海市成人心血管病诊治中心和上海市血管病诊治中心，该科室在冠心病、先天性心脏病、风心病、心律失常等疾病的临床诊治研究方面取得显著成绩。

5. 耳鼻喉科 ：作为全军耳鼻咽喉-头颈外科中心，该科室在低温等离子射频治疗阻塞性睡眠呼吸暂停综合征（鼾症）方面具有显著优势。

6. 风湿免疫科 ：该科室是国内较早成立的风湿免疫科，连续11年获复旦专科（风湿科）声誉排行榜提名，诊疗经验丰富。

这些科室在各自的专业领域内均具有很高的声誉和影响力，患者可以根据自身病情选择相应的科室就诊。