根据2024-2025年农村合作医疗的报销政策，5000元的医疗费用在不同医疗机构和病种情况下，报销金额会有所不同。以下是详细说明：

1. 门诊报销

• 报销比例：
  • 村卫生室：60%
  • 镇卫生院：40%
  • 二级医院：30%
  • 三级医院：20%
• 计算示例：
  如果在村卫生室就诊，5000元的费用可报销金额为：
  5000 × 60% = 3000元。
  如果在三级医院就诊，可报销金额为：
  5000 × 20% = 1000元。

2. 住院报销

• 报销比例：
  • 二级医院：可达80%
  • 三级医院：可达60%
• 计算示例：
  如果在二级医院住院，5000元的费用可报销金额为：
  5000 × 80% = 4000元。
  如果在三级医院住院，可报销金额为：
  5000 × 60% = 3000元。

3. 大病报销

• 适用条件：
  如果医疗费用超过一定金额（如当地规定的起付线），可享受大病报销政策，具体报销比例和补偿金额视政策而定。
• 计算示例：
  假设大病报销比例为85%，5000元的费用可报销金额为：
  5000 × 85% = 4250元。

4. 注意事项

• 起付线：部分医疗机构或病种有最低报销金额限制（即起付线），未达到起付线部分不予报销。
• 封顶线：报销金额可能受年度封顶线的限制，超出部分需个人承担。
• 报销范围：仅限政策范围内的医疗费用，如药费、检查费、手术费等，非医保目录内的费用不予报销。

5. 建议

由于具体报销金额受医院级别、病种及当地政策影响，建议您提供以下信息以便更准确地计算：

1. 就诊的具体医疗机构（如村卫生室、镇卫生院、二级医院或三级医院）。
2. 病种是否属于特殊病或慢性病。
3. 当地是否有大病报销政策及起付线。

如需进一步了解，请参考相关政策解读。