灵活就业人员不能交农村合作医疗。原因如下：

政策规定

我国《社会保险法》明确规定，灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳保险费。这就从法律层面确定了灵活就业人员参保的途径是职工医保，而非农村合作医疗。

参保对象与灵活就业人员不匹配

农村合作医疗保险主要针对的是农村居民，具有明显的地域属性，目的是保障农民的基本医疗需求。而灵活就业人员，多为个体工商户、自由职业者、非全日制从业人员等，他们没有固定的工作单位，流动性较大，不在农村合作医疗的保障范围内。

保障范围与待遇差异

灵活就业医保的保障范围更广，涵盖基本医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险等多个方面；而农村合作医疗主要提供基本医疗保险和大病保险，保障范围相对较窄。在报销比例上，灵活就业医保一般为70%—90%，相对较高；而农村合作医疗报销比例约为50%—70%，且在不同地区有所差异，通常县级要比乡镇高。

缴费标准与期限不同

灵活就业医保的缴费标准相对较低，一般按参保人员的收入确定，比如北京市为月收入的1.5%；农村合作医疗缴费标准也低，一般按收入的一定比例或固定金额缴纳。在缴费期限上，灵活就业医保期限灵活，可按月或按年缴纳；而农村合作医疗期限固定，通常按年度计算。

综合来看，灵活就业人员应该参加职工基本医疗保险，而不是农村合作医疗。职工医保的保障更全面，待遇也更高，更符合灵活就业人员的需求。