在西藏昌都地区，有多家医院可以治疗革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌性巩膜炎，以下是一些推荐的医院：

西藏昌都地区人民医院

• 医院等级：三级甲等
• 特色：设有五官科，包括眼科，具备先进的医疗设备和技术力量，能够诊治眼科及耳鼻喉科的常见病及多发病，包括巩膜炎。

西藏自治区人民医院

• 医院等级：三级甲等
• 特色：集医疗、教学、科研为一体的大型综合医院，风湿免疫科在诊治类风湿性关节炎方面具有丰富的经验，设备先进，技术力量雄厚。

西藏藏医院

• 医院等级：三级甲等
• 特色：综合性中藏医医院，擅长运用传统藏医药理论辨证论治各类疾病，对于类风湿性关节炎性巩膜炎可能有一定的治疗效果。

昌都市人民医院

• 医院等级：三级甲等
• 特色：当地一所三级甲等综合医院，设有多个临床科室及医技科室，风湿免疫科可处理类风湿性关节炎相关的眼部并发症如巩膜炎。

以上医院均为西藏昌都地区治疗巩膜炎的推荐医院，具体选择哪家医院更好，需要根据患者的具体病情、医院的专科特色、地理位置、交通便利性以及个人经济状况等因素综合考虑。建议患者在就诊前进行详细的咨询和预约，以便获得最适合自己的治疗方案。