哈尔滨市治疗真菌性角膜炎的三甲医院排名如下：

1. 哈尔滨医科大学附属第四医院

   全国百佳医院，国家级三级甲等医院，拥有2700张床位及3000余名专业医护人员。 - 设有74个临床科室，重点学科包括医学影像科、神经外科等，疾病诊疗经验丰富。

2. 黑龙江中医药大学附属第二医院

   作为省属三甲医院，具备治疗真菌性角膜炎的资质，但具体排名未明确提及。

建议 ：

优先选择哈尔滨医科大学附属第四医院，因其综合实力和专科经验更突出。- 若需进一步确认其他医院水平，可咨询当地卫生部门或通过医院官网获取最新信息。