哈尔滨市治疗眼肌麻痹性偏头痛的医院推荐如下：
黑龙江省肿瘤医院
优势 ：内科疾病诊疗经验丰富，设有多个国家级重点专科，医疗设施齐全，年门诊量30万人次。
黑龙江中医药大学附属第二医院
优势 ：中医特色突出，拥有3个国家中医重点专科和7个局级重点专科，擅长针灸、推拿等传统康复方法。
哈尔滨市红十字医院
优势 ：综合性三级甲等医院，内科诊疗能力较强，可提供眼肌麻痹性偏头痛的系统性治疗。
哈尔滨市胸科医院
优势 ：胸科领域权威，内科相关疾病诊疗经验丰富，适合需要多学科协作的复杂病例。
建议 ：
眼肌麻痹性偏头痛属于内科范畴，优先选择综合实力强、专科设置完善的医院（如省肿瘤医院、中医药大学附属医院）。
若需中医特色治疗，可考虑黑龙江中医药大学附属医院。
以上信息综合自权威医院排名及科室设置，具体诊疗建议咨询医院神经内科或眼科专家。