办理农村合作医疗异地就医的流程如下：

1. 开具转诊证明 ：

• 在当前住院医院找到副主任以上级别的医师，开具转诊证明，并确保转诊证明上加盖了医院的公章。

2. 办理跨省就医手续 ：

• 携带转诊证明前往当地社保局或医保管理部门，办理跨省就医手续，并明确就医的城市及医院名称。

3. 准备异地就医材料 ：

• 准备好身份证、户口本等必要材料，以及能证明在外地居住或工作的材料，如房产证、租房合同、工作证明等。

4. 办理异地就医备案 ：

• 可以通过手机APP或微信公众号进行线上备案，或者到医保经办机构进行线下备案。备案成功后，参保人在异地就医时才能享受医保报销待遇。

5. 选择异地定点医院 ：

• 在异地就医时，应选择医保定点范围内的医院。可以通过国家医保服务平台查询可供选择的异地联网定点医疗机构。

6. 垫付医疗费用 ：

• 在异地定点医院接受治疗时，可能需要先自行垫付医疗费用。出院时，若当地支持新农合异地结算，可以直接在医院办理报销手续；若不支持，则需携带相关材料返回参保地办理报销。

7. 报销医疗费用 ：

• 携带相关医疗费用清单、转诊证明、住院结算单等材料到参保地的医保部门进行报销。报销原则为多退少补。

建议：

• 在办理异地就医手续前，建议先咨询当地社保部门或医保管理部门，了解具体的政策和流程，避免因资料不全而影响报销。

• 如果所在地区支持新农合异地结算，尽量选择支持异地结算的医院进行治疗，以简化报销流程。