军民两用机场的主要缺点包括：
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飞行冲突 ：由于民用和军用活动的频率和需求不同，军民两用机场在军方活动频繁时，空域会变得紧张，限制了民航航班的密度和准点运营。
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管理复杂性 ：军民两用机场涉及军方和民用两方面的管理，改扩建相对困难，需要协调多方利益。
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选址限制 ：出于军用考量，军民合用机场的选址相对固定，可能难以完全兼顾民用需求，减弱了机场对周边经济发展和城市旅游的带动作用。
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安检问题 ：军民两用机场在安检方面可能存在一些问题，例如准点率低、安检态度差、安检秩序混乱等。
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运行限制 ：民航航班在军民两用机场运行时需要遵守一些特殊限制，如限制拍照、限制滑行路线、限制进近程序等，这些限制可能会影响航班的正常运行，尤其是在需要备降时，还需要协调军方以便留存机位或延长运行时间。
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安全隐患 ：军民两用机场在起降时要求航班舷窗必须关闭，以保护军事秘密，这被视为打破了飞行安全作业程序，引发了关于军事秘密与生命安全之间优先级的讨论。
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覆盖范围 ：军民两用机场的覆盖范围可能有限，例如苏州光福机场在关闭民用运输功能后，北部县级市失去了民航机场的服务。
综上所述，军民两用机场虽然在一定程度上可以缓解民用机场的压力，但其管理和运行上的复杂性、安全方面的隐患以及覆盖范围的限制等问题也不容忽视。