农村合作医疗第二次住院的起付线是 650元 。根据《宜昌市城乡居民基本医疗保险实施办法》的规定,参保居民在二级医疗机构发生的合规住院费用,起付线为500元。同一年度内住院2次及以上的,从第2次住院开始,起付标准减半。此外,有规定指出,住院费用的报销按照规定,目前一个年度内首次使用基本医疗保险支付住院费用时,在职、退休人员起付线金额均为1300元。第二次以及以后住院的医疗费用,起付标准按50%确定,为650元。
因此,无论是根据宜昌市的规定还是国家层面的规定,农村合作医疗第二次住院的起付线都是650元。建议参保居民在住院时,注意这一政策,以便能够顺利享受到医保报销。