合作医疗和自费的主要区别体现在以下几个方面：
- 缴费主体不同 ：
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医疗保险通常由城镇职工缴纳，单位和个人共同承担费用，其中单位缴纳大部分，个人缴纳小部分。
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农村合作医疗则是由农民自愿参加，费用一般固定，由农民自己承担。
- 保障范围不同 ：
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医疗保险具有强制性，通常覆盖城镇职工的基本医疗保障需求，报销比例和范围较广，一般可以达到80%左右，个人自负20%。
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农村合作医疗旨在降低低收入群体的医疗费用负担，报销比例和范围相对较低，具体比例和范围需要根据当地政策和个人缴费情况而定。
- 使用方式不同 ：
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医疗保险的报销需要到当地医疗保险管理机构或指定医疗机构进行结算，参保人员需要携带相关证件进行报销。
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农村合作医疗的报销则需要到当地合作医疗管理机构或指定医疗机构医保结帐窗口报销，且需要提前征得当地合作医疗管理机构的批准。
- 药品和项目的使用 ：
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医疗保险通常可以报销医保目录内的药品和项目，有些药品和国家规定不可以报销的，需要患者自费。
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农村合作医疗也有一定的药品和项目报销范围，但可能会有所不同，具体需要根据当地政策和规定执行。
- 异地医疗 ：
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医疗保险通常支持异地医疗，参保人员可以在异地就医并享受报销。
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农村合作医疗一般不支持异地医疗，就医前需要征得当地合作医疗管理机构的批准。
综上所述，医疗保险和农村合作医疗在缴费主体、保障范围、使用方式、药品和项目的使用以及异地医疗等方面存在明显的区别。建议根据个人所在地区和具体情况选择合适的医疗保障方式，并详细了解相关政策，以便更好地享受医疗保障待遇。