如果您已经缴纳了新农合但无法在医院查询到缴费记录，可能的原因有以下几种：

1. 缴费信息尚未更新到系统 ：有时候，缴费信息需要一些时间才能更新到系统中。您可以尝试等待一段时间后再进行查询，或者联系当地农合管理部门确认缴费信息是否已经更新。

2. 系统出现故障或网络连接问题 ：如果查询系统出现故障或者您的网络连接不稳定，也可能导致查询失败。您可以尝试重新登录系统或检查网络连接情况。

3. 第一次缴费在网上操作查不到个人信息 ：如果您是第一次在网上缴纳新农合费用，可能需要在个人户籍所在地办理录入个人信息，然后再进行缴费，这样查询时才能显示相关信息。

4. 个人信息没有联网 ：有些情况下，个人信息可能没有及时联网，导致查询不到。您可以向缴费的村委会反映这个问题，他们会协助您解决联网问题，以便您能够查询到个人参保信息。

5. 医保系统升级 ：有时候，医保系统会进行升级，在此期间可能无法正常使用。您可以关注当地医保部门的公告，了解系统升级的时间和相关信息。

6. 村委会录入遗漏 ：如果您是通过村委会缴纳的医疗费用，有可能是村委会在录入人员名单时出现了漏录，导致您缴费后没有参保成功。您可以带原始缴费票据到县合疗办进行补录。

7. 其他系统问题 ：除了上述原因，还可能有其他系统问题导致查询失败。您可以尝试联系当地社保局或农合管理部门，获取更详细的帮助和信息。

建议您先按照上述方法逐一排查问题，如果仍然无法解决，建议直接联系当地农合管理部门或社保局，他们能够提供最准确的帮助和指导。