如果您在手机上重复缴纳了合作医疗费用，可以通过以下步骤进行退款：
- 通过12366纳税服务应用退款 ：
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打开12366纳税服务应用。
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点击右上角的登录选项，登录成功后选择自己的所在城市。
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点击咨询选项，选择在线咨询进入。
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根据提示信息点击确定按钮，接通在线客服。
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向客服询问退款事宜，并根据客服回复准备相关资料去办税大厅办理退费。
- 通过手机相关平台或医疗保障应用程序退款 ：
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打开相应的医疗保障程序或应用程序。
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找到已支付的合作医疗费用记录，选择退费选项。
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按照提示完成退费操作，并提供相关的身份证明和缴费证明。
- 通过医保官方网站或移动应用程序退款 ：
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登录所在地的医保官方网站或移动应用程序。
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在个人账户页面找到相关的退款选项并点击进入。
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填写必要的信息，如身份证号码、缴费记录等，并上传相关证明文件。
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提交申请后，耐心等待医保部门的审核，审核通过后退款金额将返还至指定银行账户。
- 通过“重庆税务”微信公众号退款 ：
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打开“重庆税务”微信公众号，依次点击【网上办税】-【个人社保】。
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输入相关信息后点击【进入】，在社保费办理页面进行操作。
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选择【城乡居民医保退费】，根据提示上传相关资料并提交申请。
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通过微信公众号查询审核进度，审核通过后费款将退到指定账户。
- 通过社保官网或相关在线服务平台退款 ：
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登录社保官网或相关在线服务平台。
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选择“社保重复缴费处理”功能。
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按要求填写并提交退费申请表。
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等待社保经办机构审核资料，审核通过后退款将直接退回原支付账户。
请根据您所在地区和使用的具体应用程序选择合适的退款方法，并确保提供的信息准确无误，以便顺利完成退款操作。如果有任何疑问，建议联系当地医保部门或通过提供的联系方式获取进一步帮助。