新型农村合作医疗（新农合）和城镇职工基本医疗保险（医保）的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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新农合 ：主要针对农村户籍居民，且必须以家庭为单位整户参加。
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医保 ：主要针对城镇户口的居民，包括企事业单位职工、灵活就业人员以及非农村户籍的城镇居民和学生等。
- 缴费方式 ：
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新农合 ：由农民个人自愿参加，缴费标准较低，通常每年缴费一次，个人缴费为主，政府给予一定补贴。
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医保 ：由用人单位和个人共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
- 待遇水平 ：
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新农合 ：报销比例相对较低，主要集中在住院费用上，乡镇医院报销比例较高，但在三甲医院的报销比例较低。
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医保 ：报销比例较高，覆盖门诊、住院及指定药店购买药品的费用，特别是在三甲医院的报销比例较高。
- 管理主体 ：
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
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医保 ：主要由人力资源和社会保障部门（人社部门）管理。
- 保障待遇侧重点 ：
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新农合 ：重点保障农民的基本卫生服务，特别是大病医疗，减轻农民因病致贫、因病返贫的经济压力。
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医保 ：既保障住院和门诊大病，也兼顾普通门诊，保障范围较广，待遇相对较高。
- 缴费年限及退休政策 ：
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新农合 ：没有退休政策，需要终身缴费。
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医保 ：在达到退休年龄并满足当地医保退休年限要求后，可以医保退休，终身享受免费医保待遇。
综上所述，新农合和医保在参保对象、缴费方式、待遇水平、管理主体、保障待遇侧重点以及缴费年限和退休政策等方面存在明显差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保险制度，以获得更好的医疗保障。