合作医疗和保险住院医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 参保对象不同 ：
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合作医疗 ：主要针对农村地区的居民，特别是农民群体。只有拥有农村户口的人才可以参加，并且必须以家庭为单位整户参加。
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保险住院医疗 ：覆盖范围更广泛，包括职工、城镇居民等不同人群。主要是参加工作的劳动者，包括企业职工、机关事业单位工作人员等。
- 资金来源与缴纳方式不同 ：
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合作医疗 ：资金来源主要依赖于个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。费用由参保人负担全部费用，每年缴纳一定的费用，通常几百元不等。
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保险住院医疗 ：资金来源由职工和用人单位共同缴纳，部分资金来自政府补贴。费用由职工和公司共同承担，按一定比例缴纳，一年费用可能达到几千甚至上万。
- 保障水平与报销范围不同 ：
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合作医疗 ：保障水平相对较低，主要保障大病治疗费用。报销范围包括在统筹期内因病在定点医院住院诊治所产生的药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等符合合作医疗保险的条件就可以报销，但报销额度相对有限。
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保险住院医疗 ：保障水平相对较高，覆盖基本医疗、大病保险等多个层次。报销范围广泛，包括在医院看病、用药、住院、手术等费用，且报销额度较高。此外，医保的个人账户还可用于日常买药、门诊看病等。
- 保障期限不同 ：
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合作医疗 ：通常是一年一交费，一年一参合，参合本年度享受报销。未参加工作的农村户口居民需要每年缴纳一定的费用，才能享受相应的医疗保障。
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保险住院医疗 ：要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。职工基本医疗保险是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
综上所述，合作医疗和保险住院医疗在参保对象、资金来源与缴纳方式、保障水平与报销范围以及保障期限等方面存在明显的区别。建议根据自身情况选择合适的医疗保障方式，以确保获得充分和适当的医疗保障。