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合作医疗（新农合）可以在不同的城市使用，但具体情况取决于当地政策和规定 。以下是几种可能的情况：
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转诊就医 ：如果需要到省外医院就医，通常需要先办理转诊手续。转诊就医的办理可能比较复杂，且未办理转诊直接到省外医院就医可能会导致报销比例降低。
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未转诊就医 ：如果没有办理转诊手续，直接到省外医院就医，可能会面临降低报销比例的问题。
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异地居住 ：对于长期在异地居住的人员，可以直接在异地进行报销。
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跨省就医 ：根据《新型农村合作医疗制度实施办法》，虽然本市辖区内的农村居民可以参加新型农村合作医疗，但户口不在本市的农村居民不能参加本市的新型农村合作医疗。然而，跨省就医是可以报销的，但需要按照相关规定办理转诊手续。
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异地使用 ：根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，国家建立和完善新型农村合作医疗制度，并且社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。这意味着，合作医疗的参保人员在外地就医时，也可以享受到医疗保险的待遇。
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信息重复问题 ：有信息称，如果两地同时办理合作医疗，可能会导致信息重复，从而在医院无法报销结账。因此，建议尽量避免在两地同时办理合作医疗。
综上所述，合作医疗可以在不同的城市使用，但具体报销流程和政策可能因地区而异。建议提前咨询当地社保部门，了解是否可以异地报销，以避免不必要的麻烦。