农村合作医疗在手机上缴费的方式主要有以下几种：
- 微信缴费 ：
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打开微信APP，点击右下角的“我”，进入个人中心，再点击“服务”。
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在服务中找到并点击“城市服务”，检查并确认应缴费所在城市后，点击“社保”。
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在社保中找到并点击“居民医疗保险缴纳”，进入个人缴费填写页面，输入身份证号和姓名，然后点击“下一步”。
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App验证所输入的信息，验证无误后，进行信息核对，核对信息无误后，点击“下一步”，按照提示付款即完成缴费。
- 支付宝缴费 ：
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打开支付宝APP，点击首页的“市民中心”，在市民中心页面找到并点击“社保”服务入口。
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在社保服务中选择“居民医保缴费”，系统会自动定位到所在地区，输入缴费人的相关信息，确认缴费金额后选择支付方式完成缴费。
- 银行APP缴费 ：
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下载并打开所持银行卡的APP（如工商银行、农业银行等）。
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在APP中找到并点击“社保”或“医保”缴费选项，输入个人信息并确认缴费编号，按照提示完成支付流程。
- 官方APP缴费 ：
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在应用商店中搜索并下载安装当地社保局或医保局推出的官方应用程序（如“湖南医保”APP）。
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打开官方APP，按照提示进行操作，输入身份证号、姓名等信息，确认缴费金额后完成支付。
建议选择一种自己最方便的方式进行缴费，如经常使用微信或支付宝，则可以通过这些平台直接缴费，方便快捷。