新生儿医保的报销比例通常比新农合更高 。具体来说，新生儿医保的报销范围比农村合作医疗广，报销比例也要高一些。新生儿医保是专门针对新生儿的一种医疗保障，而新农合的覆盖面要广的多，对于成年人也是适用的。如果母亲有参加新农合，在缴费年度内，新生儿住院可用纳入母亲新农合报销。
新生儿医保的报销比例如下：
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县级定点医院就医，起付线为200元，报销比例为82%。
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市级定点医院就医，起付线为500元，报销比例为65%。
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省级定点医院就医，起付线为700元，报销比例为55%。
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省外非定点医院就医，起付线为1000元，报销比例为45%。
相比之下，新农合的报销比例较低。具体报销比例如下：
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门诊待遇：在市区定点医疗机构不包括定点零售药店就医，1000元限额内享受50%的医疗补助。
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住院待遇：每次住院起付标准以内的医疗费用由个人负担。每次住院起付标准为500元。起付线以上至4万元含的部分基金结付75%；4万元以上至10万元的部分基金结付80%；10万元以上至20万元基金结付90%；10万元以上至20万元基金结付90%。
因此，从报销比例的角度来看，新生儿医保的报销比例明显高于新农合。建议家长在新生儿出生后尽快办理新生儿医保，以便享受更高的报销比例和更全面的医疗保障。