医疗保险和合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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医疗保险 ：主要针对城镇职工，包括国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等单位的职工，以及灵活就业人员。
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合作医疗 ：主要针对农村居民，必须以家庭为单位整户参加。
- 缴费方式 ：
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医疗保险 ：由用人单位和个人共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
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合作医疗 ：由农民个人、集体和政府三方筹资，农民自愿参加，每年集中缴费。
- 保障水平 ：
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医疗保险 ：拥有个人账户，定期划入费用，报销比例较高，且没有封顶线。
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合作医疗 ：报销比例相对较低，没有个人账户，且存在年度限额。
- 药品目录和服务 ：
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医疗保险 ：覆盖的药品目录较广，能够报销更多种类的药品和治疗手段。
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合作医疗 ：药品目录有限，一些特殊药品和治疗手段可能无法报销。
- 缴费标准 ：
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医疗保险 ：缴费标准较高，且随职工工资变化。
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合作医疗 ：缴费标准较低，一般按年度缴纳，不同地区标准有所不同，最低缴费标准可能低至每年10元。
- 待遇和退休年龄 ：
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医疗保险 ：达到退休年龄并满足当地医保退休年限要求后，可以终身享受免费医保待遇。
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合作医疗 ：没有退休政策，需要终身缴费。
总的来说，医疗保险和合作医疗在覆盖对象、缴费方式、保障水平、药品目录和服务、缴费标准以及待遇和退休年龄等方面存在明显差异。医疗保险更适合城镇职工，提供更高的保障水平；而合作医疗则主要服务于农村居民，保障水平相对较低。