农村合作医疗（新农合）与居民医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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新农合 ：主要针对具有农村户籍的居民。
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居民医保 ：主要针对没有参加城镇职工医疗保险的城镇居民，包括儿童、学生、老人等非职工人群。
- 管理部门 ：
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新农合 ：大部分地方由卫生部门管理。
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居民医保 ：主要由人力资源和社会保障部门管理。
- 报销比例和范围 ：
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新农合 ：在乡镇卫生院报销比例较高，起付线较低，但在城市医院报销比例较低，且可报销的医药目录相对较少。
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居民医保 ：起付线比新农合稍高，在大医院的报销比例稍高一些，且建立了特定门诊慢性病和普通门诊慢性病报销制度，报销范围和限额相对较广。
- 缴费方式 ：
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新农合 ：通常以家庭为单位参保，部分地区要求家庭式参保，否则可能影响报销。
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居民医保 ：居民单独自由缴费，交一年享受一年。
- 保障待遇侧重点 ：
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新农合 ：更侧重于普惠制，注重保障农村居民的基本医疗需求，但在一些情况下可能导致基金浪费和抗风险能力弱化。
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居民医保 ：更侧重于互济性，通过集中资金来治疗大病，提高报销比例和限额，更全面地保障城乡居民的医疗需求。
- 整合情况 ：
- 目前，部分地区已经将新农合与居民医保合并为统一的城乡居民基本医疗保险制度，不再区分农村户口和城镇户口，实现参保政策、报销待遇和报销流程的统一。
综上所述，新农合与居民医保在参保对象、管理部门、报销比例和范围、缴费方式以及保障待遇侧重点等方面存在明显差异。随着社会保障制度的不断完善，越来越多的地区正在将这两者整合为统一的制度，以更好地保障城乡居民的医疗需求。